Tengku Sarafudin bertemu jodoh dengan Duli Yang Teramat Mulia Raja Puan Muda Kedah Che Puan Muda Zaheeda Binti Mohamad Ariff dan baginda berdua melangsungkan perkahwinan pada 27 Februari 2003 dan dikurniakan dua cahaya mata iaitu seorang puteri Tunku Zara Bahiyah yang diputerakan pada 11 April 2004 dan seorang putera Tunku Sulaiman Badlishah yang diputerakan pada 18 Disember 2007.